TY - JOUR AU - Robins, H. S. AU - Srivastava, S. K. AU - Campregher, P. V. AU - Turtle, C. J. AU - Andriesen, J. AU - Riddell, S. R. AU - Carlson, C. S. AU - Warren, E. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Overlap and effective size of the human CD8+ T cell receptor repertoire JO - Sci Transl Med VL - 2 ID - Robins2010 ER - TY - JOUR AU - Elhanati, Y. AU - Sethna, Z. AU - Callan, C. G. AU - Mora, T. AU - Walczak, A. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Predicting the spectrum of TCR repertoire sharing with a data-driven model of recombination JO - Immunol Rev VL - 284 ID - Elhanati2018 ER - TY - JOUR AU - Arstila, T. P. AU - Casrouge, A. AU - Baron, V. AU - Even, J. AU - Kanellopoulos, J. AU - Kourilsky, P. PY - 1999 DA - 1999// TI - A direct estimate of the human alphabeta T cell receptor diversity JO - Science VL - 286 ID - Arstila1999 ER - TY - JOUR AU - Carter, J. A. AU - Preall, J. B. AU - Grigaityte, K. AU - Goldfless, S. J. AU - Jeffery, E. AU - Briggs, A. W. AU - Vigneault, F. AU - Atwal, G. S. PY - 2019 DA - 2019// TI - Single T cell sequencing demonstrates the functional role of alphabeta TCR pairing in cell lineage and antigen specificity JO - Front Immunol VL - 10 ID - Carter2019 ER - TY - JOUR AU - Davis, M. M. AU - Bjorkman, P. J. PY - 1988 DA - 1988// TI - T-cell antigen receptor genes and T-cell recognition JO - Nature VL - 334 ID - Davis1988 ER - TY - JOUR AU - Robins, H. S. AU - Campregher, P. V. AU - Srivastava, S. K. AU - Wacher, A. AU - Turtle, C. J. AU - Kahsai, O. AU - Riddell, S. R. AU - Warren, E. H. AU - Carlson, C. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comprehensive assessment of T-cell receptor beta-chain diversity in alphabeta T cells JO - Blood VL - 114 ID - Robins2009 ER - TY - JOUR AU - Warren, R. L. AU - Freeman, J. D. AU - Zeng, T. AU - Choe, G. AU - Munro, S. AU - Moore, R. AU - Webb, J. R. AU - Holt, R. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Exhaustive T-cell repertoire sequencing of human peripheral blood samples reveals signatures of antigen selection and a directly measured repertoire size of at least 1 million clonotypes JO - Genome Res VL - 21 ID - Warren2011 ER - TY - JOUR AU - Elhanati, Y. AU - Murugan, A. AU - Callan, C. G. AU - Mora, T. AU - Walczak, A. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Quantifying selection in immune receptor repertoires JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 111 ID - Elhanati2014 ER - TY - STD TI - DeWitt WS 3rd, Smith A, Schoch G, Hansen JA, Matsen FAT, Bradley P. Human T cell receptor occurrence patterns encode immune history, genetic background, and receptor specificity. Elife. 2018;7. ID - ref9 ER - TY - JOUR AU - Market, E. AU - Papavasiliou, F. N. PY - 2003 DA - 2003// TI - V(D) J recombination and the evolution of the adaptive immune system JO - PLoS Biol VL - 1 ID - Market2003 ER - TY - JOUR AU - Rudolph, M. G. AU - Stanfield, R. L. AU - Wilson, I. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - How TCRs bind MHCs, peptides, and coreceptors JO - Annu Rev Immunol VL - 24 ID - Rudolph2006 ER - TY - JOUR AU - Woodsworth, D. J. AU - Castellarin, M. AU - Holt, R. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sequence analysis of T-cell repertoires in health and disease JO - Genome Med VL - 5 ID - Woodsworth2013 ER - TY - JOUR AU - Jerne, N. K. PY - 1971 DA - 1971// TI - The somatic generation of immune recognition JO - Eur J Immunol VL - 1 ID - Jerne1971 ER - TY - JOUR AU - Goldrath, A. W. AU - Bevan, M. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Selecting and maintaining a diverse T-cell repertoire JO - Nature VL - 402 ID - Goldrath1999 ER - TY - JOUR AU - Kappler, J. W. AU - Roehm, N. AU - Marrack, P. PY - 1987 DA - 1987// TI - T cell tolerance by clonal elimination in the thymus JO - Cell VL - 49 ID - Kappler1987 ER - TY - JOUR AU - Kosmrlj, A. AU - Jha, A. K. AU - Huseby, E. S. AU - Kardar, M. AU - Chakraborty, A. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - How the thymus designs antigen-specific and self-tolerant T cell receptor sequences JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 105 ID - Kosmrlj2008 ER - TY - JOUR AU - Doherty, P. C. AU - Zinkernagel, R. M. PY - 1975 DA - 1975// TI - A biological role for the major histocompatibility antigens JO - Lancet VL - 1 ID - Doherty1975 ER - TY - JOUR AU - Sharon, E. AU - Sibener, L. V. AU - Battle, A. AU - Fraser, H. B. AU - Garcia, K. C. AU - Pritchard, J. K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genetic variation in MHC proteins is associated with T cell receptor expression biases JO - Nat Genet VL - 48 ID - Sharon2016 ER - TY - JOUR AU - Gao, K. AU - Chen, L. AU - Zhang, Y. AU - Zhao, Y. AU - Wan, Z. AU - Wu, J. AU - Lin, L. AU - Kuang, Y. AU - Lu, J. AU - Zhang, X. AU - Tian, L. AU - Liu, X. AU - Qiu, X. PY - 2019 DA - 2019// TI - Germline-encoded TCR-MHC contacts promote TCR V gene Bias in umbilical cord blood T cell repertoire JO - Front Immunol VL - 10 ID - Gao2019 ER - TY - JOUR AU - Tanno, H. AU - Gould, T. M. AU - McDaniel, J. R. AU - Cao, W. AU - Tanno, Y. AU - Durrett, R. E. AU - Park, D. AU - Cate, S. J. AU - Hildebrand, W. H. AU - Dekker, C. L. AU - Tian, L. AU - Weyand, C. M. AU - Georgiou, G. AU - Goronzy, J. J. PY - 2020 DA - 2020// TI - Determinants governing T cell receptor alpha/beta-chain pairing in repertoire formation of identical twins JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 117 ID - Tanno2020 ER - TY - JOUR AU - Feng, D. AU - Bond, C. J. AU - Ely, L. K. AU - Maynard, J. AU - Garcia, K. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Structural evidence for a germline-encoded T cell receptor-major histocompatibility complex interaction 'codon' JO - Nat Immunol VL - 8 ID - Feng2007 ER - TY - JOUR AU - Scott-Browne, J. P. AU - White, J. AU - Kappler, J. W. AU - Gapin, L. AU - Marrack, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Germline-encoded amino acids in the alphabeta T-cell receptor control thymic selection JO - Nature VL - 458 ID - Scott-Browne2009 ER - TY - JOUR AU - Huseby, E. S. AU - White, J. AU - Crawford, F. AU - Vass, T. AU - Becker, D. AU - Pinilla, C. AU - Marrack, P. AU - Kappler, J. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - How the T cell repertoire becomes peptide and MHC specific JO - Cell VL - 122 ID - Huseby2005 ER - TY - JOUR AU - Krovi, S. H. AU - Kappler, J. W. AU - Marrack, P. AU - Gapin, L. PY - 2019 DA - 2019// TI - Inherent reactivity of unselected TCR repertoires to peptide-MHC molecules JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 116 ID - Krovi2019 ER - TY - JOUR AU - Emerson, R. O. AU - DeWitt, W. S. AU - Vignali, M. AU - Gravley, J. AU - Hu, J. K. AU - Osborne, E. J. AU - Desmarais, C. AU - Klinger, M. AU - Carlson, C. S. AU - Hansen, J. A. AU - Rieder, M. AU - Robins, H. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Immunosequencing identifies signatures of cytomegalovirus exposure history and HLA-mediated effects on the T cell repertoire JO - Nat Genet VL - 49 ID - Emerson2017 ER - TY - JOUR AU - Rosati, E. AU - Dowds, C. M. AU - Liaskou, E. AU - Henriksen, E. K. K. AU - Karlsen, T. H. AU - Franke, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Overview of methodologies for T-cell receptor repertoire analysis JO - BMC Biotechnol VL - 17 ID - Rosati2017 ER - TY - JOUR AU - Gandhi, M. K. AU - Khanna, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Human cytomegalovirus: clinical aspects, immune regulation, and emerging treatments JO - Lancet Infect Dis VL - 4 ID - Gandhi2004 ER - TY - JOUR AU - Venturi, V. AU - Price, D. A. AU - Douek, D. C. AU - Davenport, M. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - The molecular basis for public T-cell responses? JO - Nat Rev Immunol VL - 8 ID - Venturi2008 ER - TY - STD TI - Wang GC, Dash P, McCullers JA, Doherty PC, Thomas PG. T cell receptor alphabeta diversity inversely correlates with pathogen-specific antibody levels in human cytomegalovirus infection. Sci Transl Med. 4(2012):128ra142. ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Mina, M. J. AU - Kula, T. AU - Leng, Y. AU - Li, M. AU - Vries, R. D. AU - Knip, M. AU - Siljander, H. AU - Rewers, M. AU - Choy, D. F. AU - Wilson, M. S. AU - Larman, H. B. AU - Nelson, A. N. AU - Griffin, D. E. AU - Swart, R. L. AU - Elledge, S. J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Measles virus infection diminishes preexisting antibodies that offer protection from other pathogens JO - Science VL - 366 ID - Mina2019 ER - TY - JOUR AU - Britanova, O. V. AU - Putintseva, E. V. AU - Shugay, M. AU - Merzlyak, E. M. AU - Turchaninova, M. A. AU - Staroverov, D. B. AU - Bolotin, D. A. AU - Lukyanov, S. AU - Bogdanova, E. A. AU - Mamedov, I. Z. AU - Lebedev, Y. B. AU - Chudakov, D. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Age-related decrease in TCR repertoire diversity measured with deep and normalized sequence profiling JO - J Immunol VL - 192 ID - Britanova2014 ER - TY - JOUR AU - Qi, Q. AU - Liu, Y. AU - Cheng, Y. AU - Glanville, J. AU - Zhang, D. AU - Lee, J. Y. AU - Olshen, R. A. AU - Weyand, C. M. AU - Boyd, S. D. AU - Goronzy, J. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Diversity and clonal selection in the human T-cell repertoire JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 111 ID - Qi2014 ER - TY - JOUR AU - Naylor, K. AU - Li, G. AU - Vallejo, A. N. AU - Lee, W. W. AU - Koetz, K. AU - Bryl, E. AU - Witkowski, J. AU - Fulbright, J. AU - Weyand, C. M. AU - Goronzy, J. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The influence of age on T cell generation and TCR diversity JO - J Immunol VL - 174 ID - Naylor2005 ER - TY - JOUR AU - Gough, S. C. AU - Simmonds, M. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The HLA region and autoimmune disease: associations and mechanisms of action JO - Curr Genomics VL - 8 ID - Gough2007 ER - TY - STD TI - Chowell D, Morris LGT, Grigg CM, Weber JK, Samstein RM, Makarov V, Kuo F, Kendall SM, Requena D, Riaz N, Greenbaum B, Carroll J, Garon E, Hyman DM, Zehir A, Solit D, Berger M, Zhou R, Rizvi NA, Chan TA. Patient HLA class I genotype influences cancer response to checkpoint blockade immunotherapy: Science; 2017. ID - ref35 ER - TY - STD TI - KP ADB. Model selection and multimodel inference: a practical information-theoretic approach: Springer Science & Business Media; 2003. ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Chowell, D. AU - Krishna, C. AU - Pierini, F. AU - Makarov, V. AU - Rizvi, N. A. AU - Kuo, F. AU - Morris, L. G. T. AU - Riaz, N. AU - Lenz, T. L. AU - Chan, T. A. PY - 2019 DA - 2019// TI - Evolutionary divergence of HLA class I genotype impacts efficacy of cancer immunotherapy JO - Nat Med VL - 25 ID - Chowell2019 ER - TY - STD TI - Pierini F, Lenz TL. Divergent allele advantage at human MHC genes: signatures of past and ongoing selection. Mol Biol Evol. 2018. ID - ref38 ER - TY - JOUR AU - Bethune, M. T. AU - Li, X. H. AU - Yu, J. J. AU - McLaughlin, J. AU - Cheng, D. H. AU - Mathis, C. AU - Moreno, B. H. AU - Woods, K. AU - Knights, A. J. AU - Garcia-Diaz, A. AU - Wong, S. AU - Hu-Lieskovan, S. AU - Puig-Saus, C. AU - Cebon, J. AU - Ribas, A. AU - Yang, L. L. AU - Witte, O. N. AU - Baltimore, D. PY - 2018 DA - 2018// TI - Isolation and characterization of NY-ESO-1-specific T cell receptors restricted on various MHC molecules JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 115 ID - Bethune2018 ER - TY - JOUR AU - Carrington, M. AU - Nelson, G. W. AU - Martin, M. P. AU - Kissner, T. AU - Vlahov, D. AU - Goedert, J. J. AU - Kaslow, R. AU - Buchbinder, S. AU - Hoots, K. AU - O'Brien, S. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - HLA and HIV-1: heterozygote advantage and B*35-Cw*04 disadvantage JO - Science VL - 283 ID - Carrington1999 ER - TY - JOUR AU - Penn, D. J. AU - Damjanovich, K. AU - Potts, W. K. PY - 2002 DA - 2002// TI - MHC heterozygosity confers a selective advantage against multiple-strain infections JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 ID - Penn2002 ER - TY - JOUR AU - Migalska, M. AU - Sebastian, A. AU - Radwan, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Major histocompatibility complex class I diversity limits the repertoire of T cell receptors JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 116 ID - Migalska2019 ER - TY - JOUR AU - Nowak, M. A. AU - Tarczy-Hornoch, K. AU - Austyn, J. M. PY - 1992 DA - 1992// TI - The optimal number of major histocompatibility complex molecules in an individual JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 89 ID - Nowak1992 ER - TY - JOUR AU - Vidovic, D. AU - Matzinger, P. PY - 1988 DA - 1988// TI - Unresponsiveness to a foreign antigen can be caused by self-tolerance JO - Nature VL - 336 ID - Vidovic1988 ER - TY - JOUR AU - Woelfing, B. AU - Traulsen, A. AU - Milinski, M. AU - Boehm, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Does intra-individual major histocompatibility complex diversity keep a golden mean? JO - Philos T R Soc B VL - 364 ID - Woelfing2009 ER - TY - JOUR AU - Borghans, J. A. AU - Noest, A. J. AU - Boer, R. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Thymic selection does not limit the individual MHC diversity JO - Eur J Immunol VL - 33 ID - Borghans2003 ER - TY - JOUR AU - Schneider-Hohendorf, T. AU - Gorlich, D. AU - Savola, P. AU - Kelkka, T. AU - Mustjoki, S. AU - Gross, C. C. AU - Owens, G. C. AU - Klotz, L. AU - Dornmair, K. AU - Wiendl, H. AU - Schwab, N. PY - 2018 DA - 2018// TI - Sex bias in MHC I-associated shaping of the adaptive immune system JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 115 ID - Schneider-Hohendorf2018 ER - TY - JOUR AU - Shugay, M. AU - Bagaev, D. V. AU - Turchaninova, M. A. AU - Bolotin, D. A. AU - Britanova, O. V. AU - Putintseva, E. V. AU - Pogorelyy, M. V. AU - Nazarov, V. I. AU - Zvyagin, I. V. AU - Kirgizova, V. I. AU - Kirgizov, K. I. AU - Skorobogatova, E. V. AU - Chudakov, D. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - VDJtools: unifying post-analysis of T cell receptor repertoires JO - PLoS Comput Biol VL - 11 ID - Shugay2015 ER - TY - JOUR AU - Robinson, J. AU - Halliwell, J. A. AU - Hayhurst, J. D. AU - Flicek, P. AU - Parham, P. AU - Marsh, S. G. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - The IPD and IMGT/HLA database: allele variant databases JO - Nucleic Acids Res VL - 43 ID - Robinson2015 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Achuthan, P. AU - Akanni, W. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Bhai, J. AU - Billis, K. AU - Cummins, C. AU - Gall, A. AU - Giron, C. G. AU - Gil, L. AU - Gordon, L. AU - Haggerty, L. AU - Haskell, E. AU - Hourlier, T. AU - Izuogu, O. G. AU - Janacek, S. H. AU - Juettemann, T. AU - To, J. K. AU - Laird, M. R. AU - Lavidas, I. AU - Liu, Z. AU - Loveland, J. E. AU - Maurel, T. AU - McLaren, W. AU - Moore, B. AU - Mudge, J. AU - Murphy, D. N. AU - Newman, V. AU - Nuhn, M. AU - Ogeh, D. AU - Ong, C. K. AU - Parker, A. AU - Patricio, M. AU - Riat, H. S. AU - Schuilenburg, H. AU - Sheppard, D. AU - Sparrow, H. AU - Taylor, K. AU - Thormann, A. AU - Vullo, A. AU - Walts, B. AU - Zadissa, A. AU - Frankish, A. AU - Hunt, S. E. AU - Kostadima, M. AU - Langridge, N. AU - Martin, F. J. AU - Muffato, M. AU - Perry, E. AU - Ruffier, M. AU - Staines, D. M. AU - Trevanion, S. J. AU - Aken, B. L. AU - Cunningham, F. AU - Yates, A. AU - Flicek, P. PY - 2018 DA - 2018// TI - Ensembl 2018 JO - Nucleic Acids Res VL - 46 ID - Zerbino2018 ER - TY - JOUR AU - Grantham, R. PY - 1974 DA - 1974// TI - Amino acid difference formula to help explain protein evolution JO - Science VL - 185 ID - Grantham1974 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Res VL - 32 ID - Edgar2004 ER -